Arquivos de banco de dados de proteína (PDB) são arquivos moleculares 3D que armazenam estruturas moleculares. Agora, se você está se perguntando como abrir esses arquivos em um PC, este post lhe interessará. Aqui, discutiremos os arquivos PDB em detalhes e como visualizar esses arquivos no Windows 11/10. Então, sem muita enrolação, vamos conferir!
O que é o arquivo Protein Data Bank (PDB)?
Protein Data Bank (PDB) é um banco de dados para dados estruturais 3D de proteínas, ácidos nucleicos e outras moléculas grandes. Um arquivo com extensão de arquivo pdb é basicamente um arquivo contendo dados relacionados à estrutura de uma molécula biológica 3D. Os dados incluem coordenadas atômicas, estruturas atômicas, conectividade atômica, estrutura de proteínas, estrutura de ácidos nucleicos e muito mais. Ele também contém metadados experimentais.
Este formato de arquivo é amplamente usado em Bioinformática para trocar coordenadas de proteínas. Ele contém milhares de linhas que descrevem a estrutura de uma proteína. Agora, se você quiser ler ou visualizar arquivos PDB no Windows PC, precisará usar uma ferramenta de terceiros dedicada, pois não há aplicativo nativo para fazer isso. Nesta postagem, discutiremos diferentes métodos para visualizar um arquivo PDB no Windows 11/10.
Como visualizar um arquivo Protein Data Bank (PDB) no Windows 11?
Existem dois métodos para visualizar um arquivo Protein Data Bank (PDB) em seu Windows 11/10:
Use software gratuito para visualizar arquivos PDB. Experimente uma ferramenta online gratuita para ler arquivos PDB.
1] Use software gratuito para visualizar arquivos PDB
Você pode usar um software de terceiros para Windows que permite abrir e visualizar arquivos PDB. Existem vários aplicativos de desktop gratuitos disponíveis para Windows que você pode experimentar. Aqui estão alguns bons que você pode usar:
IQmolSwiss-PdbViewerCueMolMolekelRasMol
A] IQmol
IQmol é um editor molecular e software de visualização de código aberto gratuito para Windows 11/10. Usando-o, você pode visualizar o PDB, bem como vários outros arquivos de moléculas 3D, por exemplo, MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. Você pode encontrar todas as ferramentas importantes de visualização de moléculas neste software. Essas ferramentas variam do básico ao avançado. Além de visualizar um arquivo PDB, você também pode editar a estrutura molecular.
Ele permite abrir vários arquivos PDB de uma vez e visualizá-los todos de uma vez. No painel Model View, você pode habilitar ou desabilitar a visualização de um ou mais arquivos PDB.
Principais recursos do IQmol:
Os recursos deste Os visualizadores de arquivos PDB gratuitos e de código aberto que você pode procurar são:
Você pode encontrar todas as ferramentas padrão de visualização de arquivos que incluem zoom in/out (usando a roda do mouse), pan, girar, fullscreen view, reset view , mostrar eixos, etc. Ele permite que você personalize a aparência do modelo editando configurações como shader, ambiente, difuso, força de neblina, realces, intensidade de ruído, opções de POV-Ray, etc. Você também pode adicionar rótulos de átomos como massa do átomo, carga parcial , NMR, densidade de rotação, etc. Permite que você configure as configurações da câmera conforme seu gosto. Você pode personalizar a projeção da câmera, a posição, etc. Há um recurso útil Rotação automática que permite que você deixe o modelo molecular girar automaticamente. Você pode salvar a visualização atual da estrutura da proteína em um formato de imagem como PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc. Também permite converter PDB para outros arquivos de moléculas usando a função Salvar como. Os formatos de saída suportados são XYZ, MOL, MOL2, CML, etc. Você também pode usar seus recursos de Cálculo para calcular a energia da estrutura molecular, forças, varredura PES, estado de transição, deslocamentos químicos, geometria, decomposição de energia , correção BSSE, etc.
Além dos recursos de visualização, você obtém um menu Build dedicado com um conjunto de recursos de construção de moléculas. Esses recursos incluem adicionar novos átomos, inserir uma nova molécula, minimizar a estrutura, definir isótopos e muito mais.
É um software de modelagem molecular muito bom com o qual você pode visualizar arquivos do Banco de Dados de Proteínas em seu PC. Se você gostou, baixe-o aqui.
Veja: Chem4Word é um suplemento de química para o Microsoft Word.
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer é um visualizador de arquivos PDB gratuito dedicado para Windows 11/10. Ele permite visualizar e analisar várias estruturas de proteínas ao mesmo tempo. Você pode analisar a estrutura da proteína, estrutura do DNA, etc., contidos em um arquivo PDB. Além do arquivo PDB, também permite abrir e visualizar arquivos MOL e MMCIF.
Ao abrir um arquivo PDB, a visualização 3D é mostrada na interface junto com uma janela do Painel de Controle. O Painel de Controle contém informações gerais, a lista e o cabeçalho do arquivo. Você pode facilmente mover a estrutura, girá-la, aumentar/diminuir o zoom, etc.
Também permite mostrar ou ocultar a superfície do ponto, backbone, ligações H, vetores de forças e muito mais, conforme sua preferência. Você também pode destacar diferentes partes em esquemas de cores distintos para analisar melhor a estrutura. Além disso, você pode usar recursos de exibição como Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels e muito mais.
Além das ferramentas de visualização, você também obtém muitos recursos de modelagem molecular. Além disso, calcule energia, calcule H-bond, analise domínio, detecte domínio, gere motivos 3D, crie simetria de cristalografia e mais ferramentas também estão presentes nele.
Você pode baixá-lo em seu site oficial.
Leia: Melhor software gratuito de análise nutricional para Windows 11/10.
C] CueMol
CueMol é mais um visualizador de PDB gratuito para Windows 11/10. É uma ferramenta de visualização de estrutura macromolecular com a qual você pode visualizar arquivos PDB. Outros arquivos que você pode abrir e visualizar nele são DX, MAP, MTZ, CNS, etc.
Permite alternar entre o modo de visualização Perspectiva ou Ortográfica, girar o modelo, aumentar/diminuir o zoom, etc. Você pode renderizar o modelo usando POV-Ray e métodos de renderização de animação nele. A estrutura renderizada pode ser salva no formato PNG. Também está disponível uma ferramenta de medição que permite medir distância, ângulo e torção no modelo.
Você também pode encontrar algumas ferramentas adicionais para analisar melhor a estrutura da proteína. Essas ferramentas incluem Superposição Molecular, Cortador de superfície Mol, Geração de superfície Mol, Editor de ligação Mol, Análise de interação, animação de morphing de Mol, etc.
É um bom software para visualizar e analisar estrutura proteica presente em arquivos PDB.
Veja: O que é um arquivo LIT? Como converter LIT para EPUB ou MOBI no Windows?
D] Molekel
O próximo software visualizador de PDB nesta lista é o Molekel. É um software de visualização de moléculas bastante antigo, mas poderoso, que permite abrir e visualizar arquivos PDB. Você pode encontrar muitas ferramentas de visualização e análise de moléculas que permitem analisar estruturas de proteínas.
Permite personalizar a exibição de moléculas, átomos, ligações, resíduos etc. Você pode escolher diferentes tipos de exibição para cada um, como Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Ribbon, etc. Além disso, você pode personalizar as propriedades de visualização 3D, mostrar/ocultar caixas delimitadoras, usar shaders, etc.. Ele permite que você visualize o arquivo PDB alterando a densidade eletrônica da superfície da estrutura e adicionando a superfície acessível ao solvente à estrutura.
Você pode encontrar um recurso de Animação nele para reproduzir uma animação da estrutura da molécula. Um menu de análise dedicado com as respectivas ferramentas também está presente nele. Usando as ferramentas de análise, você pode determinar dados de grade, densidade de spin, potencial eletrostático molecular, espectro de radiação, distância, ângulo e mais de uma estrutura.
Também permite converter seus arquivos PDB em vários formatos de arquivo. Esses formatos incluem PDF, PS, EPS e Imagem. Se você gostou, você pode obtê-lo aqui.
Leia: Complete Anatomy App é um download digno para Windows.
E] RasMol
Você também pode usar o RasMol para visualizar arquivos PDB no Windows 11/10. É um software gratuito e de código aberto que permite visualizar e analisar estruturas moleculares. Ele também suporta outros arquivos para abrir e visualizar, como MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.
Permite visualizar a estrutura na forma de Wireframe, Backbone, Sticks, Ribbons, Strands, etc. Você também pode destacar diferentes partes de uma estrutura em cores diferentes. Também permite mostrar ou ocultar átomos de hidrogênio, átomos hetero, sombras, rótulos etc., conforme suas preferências. Você também pode medir distância, torção, ângulo e outros valores em uma estrutura.
Este software está disponível aqui.
Veja: Melhor software gratuito de anatomia humana 3D para Windows.
2] Experimente uma ferramenta online gratuita para ler arquivos PDB
Você também pode usar uma ferramenta online gratuita para abrir e visualizar arquivos PDB. Tudo o que você precisa fazer é abrir o site em um navegador da Web e fazer o upload do arquivo PDB para visualizá-lo. Aqui estão alguns visualizadores de PDB gratuitos on-line que você pode experimentar:
RCSB PDBMolsoft
A] RCSB PDB
Você pode usar esta ferramenta online gratuita chamada RCSB PDB para visualizar arquivos do Protein Data Bank. Ele permite que você importe um arquivo PDB e depois visualize e analise sua estrutura molecular.
Você pode encontrar algumas funções básicas de visualização, como Zoom, Rotate, Toggle Expanded Portview, Reset Camera, Toggle Selection Mode, etc. também permite definir algumas configurações ou opções de controle, como modo de câmera (perspectiva ou ortográfica), cor de fundo, ativar/desativar oclusão, ativar/desativar névoa, recorte, layout, etc.
Ele vem com um Animar. Usando isso, você pode girar automaticamente a estrutura da proteína. Ao fazer isso, você pode personalizar a velocidade e o ângulo de rotação. Você também recebe uma ferramenta de Medição dedicada. Usando esta ferramenta, você pode descobrir vários valores, como distância, orientação, ângulo e muito mais.
Além desses recursos, algumas ferramentas mais úteis disponíveis são Pesquisa de Motivo de Estrutura, Adicionar Componentes, Exportar Animações , Export Geometry (STL, OBJ, etc.) e Export Model.
Em suma, é um visualizador de PDB online gratuito muito bom com um ótimo conjunto de ferramentas de visualização. Você pode experimentar aqui.
B] Molsoft
Molsoft é outra ferramenta online que você pode usar para visualizar estruturas PDB. É um visualizador de arquivos PDB simples com recursos básicos. Para começar, abra o site e clique na opção de menu de três barras. Depois disso, selecione a opção Abrir para importar um arquivo PDB salvo localmente ou fazer upload de um arquivo do seu Google Drive. Conforme você seleciona o arquivo, ele mostrará a estrutura molecular em seu visualizador.
Você pode usar diferentes modos de visualização para visualizar a estrutura. Esses modos incluem wireframe, Creatina fosfoquinase (CPK), bola e bastão, fita, etc. Você pode alternar facilmente entre esses modos de visualização conforme sua necessidade. Além disso, permite ativar ou desativar rótulos de átomos, rótulos de resíduos, ligações de hidrogênio e locais para um melhor entendimento da estrutura.
Também fornece ferramentas de medição. Você pode medir a distância, o ângulo planar e o ângulo de torção no modelo. Além disso, um recurso útil Color by para colorir a estrutura por tipo de átomo, cadeia, alinhamento, estrutura secundária e muito mais está disponível nele.
É outro bom visualizador de arquivos PDB online que você pode experimentar gratuitamente.
Como faço para baixar um arquivo PDB do Protein Data Bank?
Para baixar um arquivo PDB do Protein Data Bank, você pode visitar o site do Protein Data Bank e digitar e pesquisar com o nome da proteína ou Macromolécula como Hemoglobina Humana, Quitinase, etc. Depois disso, a partir dos resultados da pesquisa, selecione o arquivo e use a opção de download para baixar o arquivo PDB. Simples assim.
Como visualizo as estruturas PDB?
As estruturas moleculares PDB podem ser visualizadas usando uma ferramenta on-line dedicada ou um aplicativo de software. Você pode experimentar freeware como IQmol, Swiss-PdbViewer e CueMol para visualizar e analisar estruturas PDB em seu PC. Se você preferir usar uma ferramenta online, há muitas opções. Por exemplo, experimente serviços da Web como RCSB PDB e Molsoft. Estes são visualizadores de arquivos PDB on-line gratuitos que fornecem ferramentas avançadas de visualização e análise de moléculas.
Como faço para converter um arquivo PDB em PDF?
Para converter um arquivo PDB em PDF, você pode usar este aplicativo de desktop gratuito chamado Molekel. Ele fornece uma opção dedicada Salvar em PDF que permite converter um arquivo PDB para o formato PDF. Você pode abrir um arquivo PDB e clicar na opção Arquivo > Salvar em PDF para converter PDB em PDF. Discutimos este software em detalhes neste post, confira acima.
É isso.
Agora leia: Melhor software gratuito de modelagem molecular para Windows.
